Faites glisser la souris sur la zone vide pour tourner autour de la molécule (rotation libre, comme un vrai modèle moléculaire). Choisissez un atome puis cliquez sur la zone pour le placer, ou utilisez l'outil « Liaison » pour relier deux atomes (recliquez la même paire pour passer en double puis triple liaison). Les molécules d'exemple utilisent la vraie géométrie 3D : tétraédrique pour le carbone saturé, coudée pour l'eau, pyramidale pour l'ammoniac, plane pour le benzène. Placez par exemple 1 atome de carbone et 4 atomes d'hydrogène puis cliquez sur « Construire le composé » pour former automatiquement le CH₄ avec son nom affiché ; ou choisissez deux réactifs dans la barre « Réaction » pour voir le produit se former.
Collez un énoncé (ex. « Quelle est la masse molaire de l'éthanol ? », « Formule brute du benzène », « Réaction entre le méthane et le dioxygène ») ou prenez en photo l'énoncé. La simulation essaie d'abord de répondre elle-même à partir de ses composés et réactions connus.